Tra le istituzioni culturali modenesi con le quali la Società ha avuto più stretti rapporti merita di essere segnalata dapprima l’Accademia di Scienze Lettere e Arti. Quasi tutti i presidenti della Società e diversi dei suoi soci sono stati soci effettivi o corrispondenti dell’Accademia di Scienze Lettere e Arti, sorta a Modena nel 1683 col nome di Accademia dei Dissonanti. Di quest’ultima ne hanno ricoperto la presidenza Dante Pantanelli e Antonio Pignedoli.

Anche con i Musei Civici, durante la presidenza di Carlo Boni, e con il Municipio si sono avuti stretti rapporti: furono offerti – specie nei primi anni di vita della Società – sostegno ed ospitalità, e questa fu concessa anche dalla Biblioteca Estense per oltre mezzo secolo.

Intensi rapporti sono stati a più riprese intrattenuti con la Stazione Sperimentale Agraria, importante centro di ricerca presente a Modena fin dal 1871. A questo proposito ricordiamo la feconda direzione di Giuseppe Lopriore, presidente della Società negli anni 1919-20, ed ancora quella di Alfonso Draghetti, che fu socio, consigliere e poi vicepresidente della stessa Società dei Naturalisti e Matematici di Modena.

Si debbono anche segnalare i rapporti di reciprocità con l’Università degli Studi di Modena, oggi Università degli Studi di Modena e Reggio Emilia, contraddistinti – oltre che dalla pubblicazione degli “Atti” che diffondono risultati ottenuti dai ricercatori universitari – dalla notevole raccolta di materiale museologico, donato poi ai musei universitari, ed ancora dalla forte presa di posizione della Società nel 1893 contro la minacciata soppressione dell’Università stessa. Fin dal suo sorgere la Società ha sempre goduto dell’appoggio della locale Università, tanto che nel 1995, per regolarizzare il proprio statuto, la Società ha ottenuto di poter usufruire, quale indirizzo ufficiale, di quello della sede centrale della stessa Università, presso cui è collocata la biblioteca.

Nel giugno 1996 la Società dei Naturalisti e Matematici di Modena entra a far parte del gruppo delle dieci Associazioni Centenarie di Modena per dare luogo alla Unione delle Società Centenarie Modenesi.